Integrada na pré-história da extremidade sudoeste do Algarve, a área do concelho de Lagos é habitada desde tempos recuados, como o demonstram diversas estações arqueológicas.

O primitivo nome da cidade – Lacohriga – aponta para uma origem celta, cerca de 2.000 anos a. C., sendo, durante um largo período, porto frequentado por fenícios, gregos e cartagineses.

Numerosos vestígios falam do passado de Lagos, mas a época a partir da qual o concelho se torna, em termos históricos, efectivamente conhecido é a partir de 228 a.C., quando se celebrou o tratado entre Cartagineses e Romanos, que fixava o Ebro como fronteira entre eles. Data dessa época o florescimento de Lacóbriga, que se manteve até ao século VII e que foi a antepassada da Lagos actual. A origem de Lacóbriga é bastante desconhecida. Ao que parece, existiam duas, edificadas em locais diferentes. A primitiva povoação teria sido destruída por um terramoto ocorrido no século IV a.C., sem deixar vestígios. A segunda Lacóbriga, cuja fundação se atribui a Bohodes, capitão ou governador cartaginês que fez parte das forças militares de Cartago, que ocuparam o sul da Península Ibérica, no final do século IV a.C.

Lacóbriga virá a ser uma importantíssima cidade na época romana. Num manuscrito do século XVIII, Antiguidades de Lagos e Suas Igrejas diz-se que entre as duas Lacóbrigas existia uma distância de quase meia légua. A partir de 713 quando os árabes são já senhores absolutos da Península, não mais se registam referências a Lacóbriga.

Segundo a história mais recente, Lagos foi conquistada definitivamente aos mouros no ano de 1249 por D. Paio Peres Correia, sendo o ano de 1266 apontado como a data em que Lagos recebeu o primeiro foral, atribuído por D. Afonso III.

No entanto, foi no reinado de Afonso IV que Lagos se afirmou, precisamente com a reconstrução das muralhas da praça e com a vinda para a cidade do governo militar do Algarve.

A 5 de Janeiro de 1361, no reinado de D. Pedro I, Lagos passa a Vila e Concelho com jurisdição própria. Até esta data estava sob o comando do Bispo de Silves que o havia recebido por doação do rei de Castela.

Lagos revela-se com bastante importância, em 1415, no reinado de D. João I, em virtude dos Descobrimentos Portugueses.

O Infante D. Henrique viveu em Lagos, no castelo, depois Palácio dos Governadores, e que também foi destruído pelo terramoto de 1755. Lagos foi, efectivamente, a base das empresas marítimas, o porto de construção e armamento dos navios e o ponto de partida de quase todas as caravelas que partiram para as Descobertas.

Os lacobrigenses, Lourenço Gomes e António Gago partiram de Lagos à descoberta de novas paragens, tendo em 1419 descoberto a ilha da Madeira. De Lagos partia também, mas em 1434, no reinado de D.Duarte, o navegador Gil Eanes, para dobrar o Cabo Bojador.

A partir desta altura, Lagos tornava-se um ponto de escala obrigatória para quase todos os navios.

O séc. XV é o século de ouro de Lagos. Durante cerca de quarenta anos, a cidade, devido à sua localização frente a África, torna-se porto de partida e chegada das naus que, ano após ano, iam descobrindo a costa desse continente. Centro do comércio dos produtos exóticos, do marfim, ouro e prata trazidos de África, Lagos vê edificarem-se novas igrejas, aumentar o número de casas, crescer o número de comerciantes e de banqueiros nacionais e estrangeiros.

Lagos é elevada a categoria de cidade em 27 de Janeiro de 1573, pela mão do Rei D. Sebastião. O monarca terá ficado impressionado com o acolhimento das gentes de Lagos.

A sede do Bispado é transferida de Silves para Lagos, que se torna a capital de todo o Algarve, passando a ser a residência de Capitães Generais e Governadores deste Reino.

O terramoto de 1755 e o maremoto que se lhe seguiu destroem grande parte da cidade que, só a partir de meados do séc. XIX, com a indústria de conservas de peixe e o comércio, inicia a recuperação da sua prosperidade.